Yazılarında ve siyasal yaşamında Batı uygarlığının bütünüyle benimsenmesini, Türkçülüğü ve liberal düşünceyi savunan düşünür ve siyaset adamıdır. 1869 yılında Şuşa-Karabağ'da doğdu. İlköğrenimden sonra, annesinin çabasıyla Rus gymnasium'una gönderildi. Batılı düşüncelerle tanıştığı bu okulu bitirdikten sonra, hukuk, tarih ve siyasal bilimler eğitimi gördüğü Paris'e gitti (1888). Üniversite yıllarında hocası Ernest Renan'dan etkilendi. Paris'te tanıştığı Cemaleddin Afgani onun İslamiyete ilişkin düşüncelerini etkiledi. Üniversite öğrenciliği sırasında La Nouvelle Revue, Revue Bleu gibi dergilerde yazıları yayımlandı.
Ağaoğlu'nun Fransa'da bulunduğu yıllar onun özellikle Fransız Devrimi'nin getirdiği düşüncelere yakınlaşmasına, Batılı liberal kavram ve değerleri incelemesine olanak verdi.
1894'te Azerbeycan'a döndü. İrşad, Terakki, Fuyuzat gazetelerini yayımladı. İttihad ve Terakki'nin yayın organı olan Şura-yı Ümmet'e yazılar yazdı. Bu dönemde temel olarak Rusya Müslümanlarının birliği ve kültürel gelişmesi doğrultusunda mücadele verdi. Çarlığın baskısına karşı Difai adlı bir gizli cemiyet kurdu. Üzerindeki baskılar yoğunlaşınca, 1909'da ailesiyle birlikte İstanbul'a göç etti.
